A Börzsöny nagy részét tölgyesek és bükkösök borítják. Az erdőterület százalékában:

35% tölgy,
28% bükk,
17% gyertyán,
2% fenyő,
18% egyéb fa, mint például magas kőris, hegyi szil és juharok is.
Az egyéb fajok csak mint a bükkösök és tölgyesek elegyfái fordulnak elő; önálló erdeik (a magas kőrisesek) nagyon ritkák. A fenyő megtelepítésével a 19. század vége óta kísérleteznek, csekély eredménnyel: csak egy-két, klimatikusan kedvező helyen fejlődik kielégítően.

Érdekesség, hogy az alacsonyabb részeken többfelé is előfordul a szelídgesztenye (Castanea sativa), ami egyes kutatók szerint őshonos fafaj, mások szerint valószínűleg egykori ültetvényekből vadult ki. Bél Mátyás 1735-ben úgy vélte, hogy a nagyoroszi szelídgesztenyéseket Károly Róbert uralkodásának idején (1308–1342) telepítették. A legidősebb, ismert gesztenyefák Borsosberény határában, Szomolyapusztán állnak. Legnagyobbikuk törzsének átmérője 180 cm, korát 300–400 év közé becsülik.
Bükkösök
A Magas-Börzsönyben montán és szubmontán bükkösök egyaránt előfordulnak. legfontosabb elegyfájuk a gyertyán, ami szórványosan mindenütt jelen van, de a bükkösök alján és tetején egyaránt felszaporodik: ez az átmeneti zóna lefelé a tölgyesek, fölfelé pedig a legmagasabb csúcsokat borító magas kőrisesek felé.

Magas kőrisesek
Magas kőrises erdők a hegység legmagasabb csúcsain (Csóványos, Magos-fa, Nagy-Mans, Miklós-tető, Hangyás-bérc, Nagy-Hideg-hegy), a bükkösök fölött nőnek. Ennek fő oka, hogy a csúcsok közelében a talaj vékony, és az erős napsütés, valamint a száraz szelek hatására gyorsan kiszárad. A bükköt ezért fölfelé haladva nem a fenyő váltja föl, hanem a szárazságot jobban tűrő fajok. Ezek közül a magas kőris az erdőalkotó, elegyfái pedig a hárs és a hegyi juhar.

Tölgyesek
A tölgyesekben a csertölgy a száraz lejtőkön szaporodik fel, de sehol sem válik uralkodóvá.