Atom:
A kémiában az atom a kémiai elemek azon legkisebb részecskéje, ami megőrzi az elem kémiai tulajdonságait. Parányi, gömb alakú, semleges részecske, mely atommagból és elektronburokból áll. Kémiai úton nem bontható fel alkotó elemeire. Ilyen értelemben az atomok a molekulák és az anyag alapvető összetevői.
A modern természettudományok kísérletileg igazolták azt, hogy az anyag ilyen részecskékből áll.
Ionok:
Az ion (vagy régies nevén meneny) olyan atom vagy molekula (atomcsoport), mely elektromos töltéssel rendelkezik. A negatív töltésű ion, más néven anion olyan atom vagy molekula, melynek egy vagy több elektrontöbblete van, a kation pedig pozitív töltésű ion, amiben egy vagy több elektronhiány van, mint az eredeti részecskében. A folyamat, mely során létrejönnek az ionok, az ionizáció. Az ionizált atomokat vagy atomcsoportokat úgy jelölik, hogy az atom vagy molekula fölött jelölik az elvesztett vagy szerzett elektronok számát (kivéve ha egy van, akkor nem jelölik), és a töltést (+ vagy −). Példa: H+, O2−.
Egyszerű atomok esetén a fémek legtöbbször kationokat hoznak létre, a nemfémek anionokat, például a nátrium Na+ kationt, míg a klór Cl− (klorid) aniont hoz létre. Bonyolultabb szerves molekulák ikerionos állapotba is kerülhetnek, ekkor egyszerre anionos és kationos tulajdonságúak.
Molekulák:
A kémiában a molekulák két, vagy több atomból álló semleges anyagi részecskék, melyekben az atomokat erős kovalens kötés kapcsolja össze. A molekulákat alkothatják egyetlen kémiai elem atomjai – ilyen például az oxigénmolekula (O2) –, vagy állhat többféle elem atomjaiból is, mint például a vízmolekula (H2O). A molekulák kristályrácsba szerveződhetnek, ekkor jön létre a molekularács. Az összetett ionok elektromos töltéssel rendelkező anyagi részecskék, melynek atomjai szintén kovalens kötéssel kapcsolódnak egymással. Ilyen például az ammóniumion (NH+4), illetve az oxóniumion (H3O+). A kinetikus gázelméletben a molekula kifejezést gyakran használják tetszőleges gázrészecske jelölésére, függetlenül annak összetételétől. Ez a definíció a nemesgázatomokat is molekulának tekinti, annak ellenére, hogy azok csak egyetlen – kémiai kötésben nem lévő – atomból állnak.