Ugyanabból az atomból állnak, azonos a halmazállapotuk, de az atomok elrendezése különbözik, máshogy vannak a kötések közöttük. Tipikusan a kristályszerkezet más.

Fizikai és kémiai tulajdonságaik is különbözhetnek:
Például különböző fizikai tulajdonságra: az ón módosulatai más hőmérsékleten stabilak: 13,2° alatt szürkeón, fölötte az ón stabil.
Példa különböző kémiai tulajdonságra: Az O₃ ózon sokkal erőteljesebb oxidáló, mint az O₂