I. rész
A regény elején rögtön megismerkedünk az osztályban a kémia órán a főbb szereplőikkel.
A kísérlet közben megszólalt az utcáról egy zongor-verkli, és minden figyelem odalett. Tavasz volt és a nap már csalogatta ki a fiúkat a szabadba. Délután gyűlést szerveztek és elnökválasztást. Az iskola előtt Csónakos megpróbált alkudni az olasz édességárussal, majd Nemecsek mesélte el, hogy a két Pásztor elvette a játékgolyóit, amiből kettő üveg volt, és erre még Boka is felháborodott. Ha egy erősebb fiú elveszi egy gyengébbnek a dolgait, azt einstand-nak nevezik “különleges pesti gyerekszóval.” Mindenki érezte, hogy ezt már nem lehet annyiban hagyni.


II. rész
Megismerjük a grundot, ami a legnagyobb boldogság a pesti fiúknak a nagy házak rengetegében, ahol nem lehet sehol sem játszani.
A grund egy üres telek volt, aminek egyik végében egy tót fát őrzött, és ami a Pál utcai fiúk főhadiszállása és játszótere volt. A grundon voltak erődök, amiket Boka parancsára, mert ő volt a kapitány, erősítgettek, de az erődöket Nemecsek és Csónakos építette. A grundon mindenkinek megvolt a tisztsége, mint egy igazi hadseregben, azzal a különbséggel, hogy itt minndenki tiszt volt, egyedül Nemecsek volt közlegény. Azon a napon, amikor az elnökválasztás volt, először ért Nemecsek a grundra és meglátta Áts Ferit, aki elvitte a zászlót. A fiúk, amikor egyenként megérkeztek, újra elnököt választottak, ezúttal is Bokát, bár volt 3 ellenszavazat, és elhatározták, hogy meglátogatják az ellenfél, a vörösingesek főhadiszállását, a Füvészkertet.


III. rész
Boka Nemecsekkel és Csónakossal indult el a Füvészkertbe, hogy egy papírlapot hagyjanak ott, amin ez áll: Itt jártak a Pál utcai fiúk.
Nem volt könnyű terep a Füvészkert. Hatalmas kőfal vette körül, felnőtt, éjszakai őr is vigyázott a kertre. Volt egy rom és egy sziget a közepén, amit csónakkal vagy a hídon lehetett megközelíteni, de ott két őr állt a vörösingesek közül. A fiúk nehezen jutottak előre, csalános volt a térség, az őrökkel is vigyázni kellett és a Füvészkert őre is nagyon szemfüles volt. A szigetre csónakkal jutottak be végül és Nemecsek beleesett a jéghideg vízbe és bőrig ázott. A csónaknál otthagyták Csónakost és Nemecsek és Boka kúszott tovább a helyre, ahol a vörösingesek tanácskoztak. Ekkor meglátták a vörösingesek közt Gerébet és ki is hallgatták, ahogy mindent elmond a grundról, amit a vörösingesek meg akarnak szerezni. Mikor elmentek, Boka kitűzte a papírt és rohantak vissza Nemecsekkel. A vörösingesek hamar észrevették, hogy ottjártak, és utánuk iramodtak. A három fiú egy üvegházba menekült, ahol Nemecsek ismét a hideg medencében kötött ki. Végül sikerült elmenekülniük a Füvészkertből. Nemecseknek összeadtak a lóvasútra, hogy minél hamarabb hazaérjen, mert már jégé fagyott a márciusi széltől a vizes ruhákban.


IV. rész
Az iskolában mindenki az előző napi kalandot tárgyalta. Tudták, hogy a három fiú sikerrel járt, de nem tudták a részleteket, mert Bokából és Nemecsekből egy szót sem lehetett kihúzni, Csónakos pedig össze-vissza fecsegett és nagyokat lódított. Óra után Rácz tanár úr behívatta Weiszet, Barabást, Kolnayt, Cselét, Nemecseket, Richtert, Lesziket magához és felelősségre vonta őket a gittegylet miatt. Kiderült minden. A tisztségek, a feladatok, előkerült a pecsét, a zászló, a gitt, és Rácz tanár úr elkobzott mindent, és feloszlatta az egyesületet, valamint megtiltotta, hogy bármilyen egyesületet alapítsanak. Mialatt a kioktatást folyt, Nemecsek kikapart egy jó adag gittet, ami az új egylet alapja lehet. El is határozták, hogy a grundon közgyűlést tartanak délután. El is kezdték a gyűlést délután, de Nemecsek észrevette az áruló Gerébet, aki a tóthoz sompolygott a farakások közt. Nemecsek kihallgatta őket és megtudta, hogy Geréb szivarral lefizette a tótot, hogy kergesse ki a fiúkat a grundról, mert más fiúk akarnak ide jönni, akik mindig tudnak majd szivart, sőt forintot is adni. A tót belement.
Nemecsek nagyon feldúltan visszament a többiek közé, hogy elmondja Bokának, de ő még nem érkezett meg, ezért elé akart menni, mert azt gondolta, hogy ő talán még tud hatni Gerébre. Közben a gittegylet nem tudta, milyen fontos ügyben szaladgált Nemecsek, ők csak azt látták, hogy nem törődött a gyűléssel és elment, ezért gyávának és árulónak mondták ki, és beírták a nevét a fekete könyvbe, csupa kis betűkkel.
Közben Nemecsek az utcán elmondott mindent Bokának és még látták Gerébet, de amikor utána kiáltottak, az csak nevetve elszaladt.


V. rész
Két nappal később a Füvészkertben a vörösingesek gyűlést tartottak. Áts Feri, a vörösingesek vezére kihirdette, hogy holnapra tűzte ki a háborút. A raktáros jelentette, hogy a raktárból ellopták a pál utcaiaktól zsákmányolt zászlót, és hogy egy picinyke lábnyom volt a raktár körül. Meghallgatták Gerébet, aki elmondta, hogy megvesztegette a tótot, hogy harc nélkül megkapják a grundot. Áts Feri nagyon mérges lett emiatt, és gyávának nevezte Gerébet, de ő azt mondta, hogy ő bizony nem gyáva, ő velük tart és Pál utcaiak ellen. Gyávának nevezte a Pál utcaiakat, de ekkor leugrott Nemecsek a fáról, ahol addig rejtőzött és a szemükbe vágta, hogy közülük a legkisebb sem gyáva, hiszen Ő is ellopta a zászlót, és akár megverhetik, de ő nem fut el. Áts Ferinek nagyon megtetszett a bátor kislegény, és hívta, hogy álljon be közéjük. Nemecsek persze nem lett áruló. Kicsavarták a kezéből a zászlót, és mivel Áts Feri azt mondta, hogy túl kicsi a veréshez, hát megfürösztötték. A kicsi Nemecsek büszkén kiáltotta Geréb szemébe, hogy áruló, és mikor elment, tisztelegtek neki a vörösingesek, Gerébet pedig rögtön kizárták a csapatukból.


VI. rész
Boka kiáltványt függesztett ki a grunra a közelgő háborúról, és a fiúk lelkesedve várták a parancsnokot. Boka mindent elmondott, mindenki felesküdött a csapatra. Boka elmondta a haditervet és elmondta, hogy Nemecsek lett a hadsegédje. Ez ellen a gittegylet tiltakozott, de Bokát nem érdekelte az egylet. A kis Nemecsek azonban – aki már nagyon beteg volt és minduntalan köhögésrohamok törtek rá – nem akarta, hogy Boka is megvesse, hát elmondta, hogy miért is tartják őt gyávának. Boka megígérte, hogy a háború után tisztázza Nemecseket. Bár Nemecsek szomorú volt, hogy az ő becsületének ügyét elnapolták, engedelmesen teljesítette Boka utasításait. Megérkezett Geréb és könyörgött Bokának, hogy fogadják vissza, de Boka nem engedte vissza a fiút, aki sírva elment.
Miután egész délután gyakorlatoztak, kimondták, hogy aki a másnapi háborúból hiányzik, az szószegő. A gyakorlat után a gittegylet sürgős közgyűlést hívott össze, mert az elnök elfelejtette rágni a gitttet, ami kiszáradt. Ezt akarták kitárgyalni, de megérkezett Geréb apja, aki tudni akarta, hogy a fia valóban áruló-e vagy sem. A kis Nemecsek, aki a láztól már nem is volt magáná,l azt mondta, hogy Geréb nem áruló. Geréb apja boldogan tért haza, Boka pedig hazakísérte Nemecseket, aki már alig állt a lábán, és hallucinált a láztól.


VII. rész
Másnap latin órán Rácz tanár úr is észrevette, hogy a fiúk majd kibújnak a bőrükből. Az egész iskola lázban égett, sokan részt akartak venni a csatában, jelentkeztek, harcolni, kémkedni vagy csak nézőnek, de Boka nem engedett maguk közé idegent. Mentek a grundra gyakorlatozni. Geréb levelet küldött a cselédjükkel, hogy kihallgatta a Füvészkertben a vörösingeseket és megtudta, hogy azok csak másnap támadnak, és elküldte Nemcseknek az új könyvét, amit apjától kapott, mert kiderült róla, hogy mégsem áruló. Kérte, hogy fogadják vissza és bocsássanak meg neki. Boka visszafogadta Gerébet, és beállt mindenki a helyére. Követek érkeztek a vörösingesektől, akik elhozták a hadüzenetet, megállapodtak a harc szabályiban és megkérdezték a bátor Nemecsek címét. Meg is látogatták a kis Nemecseket, aki lázasan feküdt otthon és nagyon elszomorodott, amikor megtudta, hogy már másnap lesz a háború, és akkor ő kimarad abból.


VIII. rész
Gyönyörű nap volt a háború napja. Hatalmas volt a sietség az iskola után, és háromnegyed kettőkor már mindenki a helyén volt. Boka elmondta, hogy kissé megváltoztatta a haditervet és egy sáncot ásatott, ahol a legerősebbek megbújnak majd, és onnan támadnak az ellenségre. Fél háromkor megérkezett az ellenség, és csak a csapat egyik része támadott az idősebb Pásztor vezetésével. Áts Ferivel a vörösingesek másik felével a jelre várt, hogy majd akkor támadnak, ha Pásztorék már győztek. Pásztorékat azonban legyőzték a Pál utcaiak és egyenként bezárták őket a tót kunyhójába. Hiába várta Áts Feri a trombitajelet, az nem jött. Aztán azt hallották, hogy a Pál utcaiak éljeneztek. Erre berontottak és bizony hiába voltak kevesebben, teljesen pihentek voltak a Pál utcaiak seregével szemben. Nagyon erősen nyomultak előre és egyszer csak Áts Feri elkiáltotta magát, hogy szabadítsák ki a kunyhóban levőket. Egyszerre azonban ott termett Nemecsek, aki a láztól “megtáltosodva” a földre fektette az idegen vezért. A vörösingesek között hatalmas lett a zavar és végérvényesen elvesztették a háborút. Az ellenség elment és csak Áts Feri álldogált ott és nézte, amint mindenki körülvette Nemecseket, akit kineveztek kapitánynak. Amikor Áts elment, mindenki tisztelgett neki. Aztán megjelent Nemecsek rémült édesanyja, aki már mindenütt kereste a beteg fiút, aki csak úgy megszökött az ágyából. Az egész csapat hazáig kísérte őket. Végül csak Boka maradt a ház előtt és keservesen sírt. Aztán megérkezett Nemecsek apja is és ő is csak sírt vele. Aztán Boka egyedül maradt az utcán, de látta Áts Ferit, aki eljött, hogy Nemecsek állapota felől érdeklődjön.


IX. rész
Itt néhány bejegyzés következik a gittegylet jegyzőkönyvéből, ami tartalmazza, hogy Nemecsek Ernő nem gyáva és nevét tévedésből írták kis betűvel, és hogy Boka János nevét a történelemkönyvbe be kell írni Hunyadi neve mellé, mert legalább olyan jó vezér ő is. És a legyőzöttek nevei közé pedig az Áts Feri nevét. Továbbá bejegyzések állnak a kiszáradt gitt miatt, amit Kolnay, az elnök nem rágott, és ami miatt az elnöknek fegyelmit szavazott meg az egyesület, és ami nagyon nem tetszett az elnöknek és azt mondta rá: “szemétség”.


X. rész
A Rákos utcában, ahol Nemecsekék laktak, nagy volt a csend. Minden szomszéd lábujjhegyen járt, hogy nehogy megzavarja a kis beteget. Mindenki kérdezősködött, hozott valamit, de csak azt a választ kapták, hogy a kisfiú nagyon rosszul van. Amikor megérkezett Boka és elmondta Nemecseknek, hogy a gittegylet mindent megbánt vele kapcsoltaban és még díszoklevelet is készítettek neki, amiben bocsánatot kérnek és csupa nagybetűvel írják a nevét, de a kis Nemecsek nem hitt Bokának. Megörült a hírre, hogy Áts Feri ott járt előző este és utána érdeklődött, és azt is megtudta, hogy a vörösingesek új vezért választottak, az idősebb Pásztort, de kitiltották őket még aznap este a Füvészkertből, mert a Füvészkert igazgatója megelégelte a nagy lármázásokat. A kis Nemecsek a láztól már mindenfélét elképzelt. Sem a szülei, sem Boka nem tudta lecsitítani. A kisfiú biztosan tudta, hogy meghal, pedig nem is hallotta, amikor az orvos azt mondta az édesapjának, hogy már nem éri meg a reggelt, de talán az estét sem. Mire megérkezett az egylet, hogy átnyújtsák a díszoklevelet, Nemecsek már meghalt.
A fiúk hazamentek, Boka pedig a városban bolyongott, majd a grudra ment be, hogy kisírja magát. Tanúja volt, hogy Barabás és Kolnay ünnepélyesen kibékültek. Nemecseken és a grundon tűnődött és a kunyhóban furcsa szerszámokat látott meg. Ekkor tudta meg a tóttól, hogy a grund tulajdonosa házat építtett arra a helyre, amiért ők harcoltak, amiért Nemecsek az életét adta.