1939. március 15-én vonultak be a náci Németország csapatai a müncheni konferencián megcsonkított „maradék” Csehország területére, ezzel pedig a Versailles-ban létrehozott csehszlovák állam gyakorlatilag megszűnt létezni.

Miután a náci Németország 1938 tavaszán végrehajtotta az Anschlusst, Hitler következő célkitűzése Csehszlovákia megsemmisítése lett. A diktátor Ausztria bekebelezése után hamarosan Prága ellen is fellépett, arra hivatkozva, hogy a Szudéta-vidéken élő 3 milliós németségnek joga van az önrendelkezéshez. A csehszlovák állam értelemszerűen ellenezte a Szudéták autonómiáját, ugyanis a szóban forgó terület nyersanyagok szempontjából nélkülözhetetlen volt a csehszlovák ipar számára, nem is beszélve arról, hogy 1935 után ezen a területen épült ki – éppen Hitler ellen – a köztársaság védelmi rendszere.

Emellett az is fontos szerepet játszott Benes elnök ellenkezésében, hogy a szudétanémetek első számú politikai vezetője, Konrad Henlein a náci eszmék hívéül szegődött, törekvéseiben pedig Németország támogatását élvezte. Nem véletlen, hogy Henlein és pártja az úgynevezett karlsbadi programban az autonómia mellett a nemzetiszocialista eszmék terjesztésének a szabadságát is igyekezett kicsikarni Prágától, ezt a tervezetet azonban Edvard Benes nem volt hajlandó elfogadni. Hitler két fronton is harcolt a Szudéták ügyében, ugyanis egyrészt megpróbált nyomást gyakorolni a nyugati hatalmakra, másfelől pedig igyekezett fokozni a feszültséget a német többségű területeken, hogy később azzal kampányolhasson, hogy a csehszlovák hatóságok etnikai tisztogatást végeznek nemzettársai körében.

A Führer 1938 őszén már fegyveres beavatkozással fenyegette Csehszlovákiát, miután pedig a britek és a franciák minden eszközzel igyekeztek elkerülni a háborút, Berlin elérte, hogy szeptember végén Münchenben konferenciát tartsanak a Szudéta-vidék ügyében. A szeptember 30-i müncheni egyezménnyel Hitler győzelmet aratott, hiszen a nagyhatalmak – Prága megkérdezése nélkül – Németországnak engedték át a követelt területeket, a későbbiekben pedig Lengyelország, illetve – az első bécsi döntéssel – Magyarország igényeit is kielégítették.

Az 1938 őszén elszenvedett területi veszteségek Csehszlovákiában komoly válságot idéztek elő: a kudarc hatására Benes távozott az elnöki székből, mindeközben pedig a „maradék” köztársaság gazdasági és katonai szempontból is kiszolgáltatottá vált. A helyzetet jól jelzi, hogy az ország 1938 októberében szövetségi állammá alakult át, melynek szlovák felében Jozef Tiso vette át az irányítást, míg a – jelképes – főhatalom Emil Hácha kezébe került. Önmagukban a müncheni konferencia rendelkezései teljesen jogszerűek lettek volna, hiszen a wilsoni elvek nyomán valósultak meg, másfelől viszont Németország külpolitikai sikerei súlyos következményekkel jártak.

A problémák elsősorban abból eredtek, hogy Hitler nem elégedett meg a Szudéták megszerzésével, és miközben már a Lengyelország elleni háborúra készült, meg akart szabadulni a maradék csehszlovák államtól is. Nagy-Britannia és Franciaország 1939 januárjában egy tetemes kölcsönnel tett ugyan egy erőtlen kísérletet a Hácha-féle második köztársaság megmentésére, Hitlert azonban ekkor már képtelenség volt megállítani. A náci diktátor januárban kitűzte az okkupáció pontos időpontját, a március 15-e előtti napokban pedig „átkaroló hadműveletet” indított Csehszlovákia ellen. A német vezető március 13-án Berlinbe hívta Josef Tisót, aki a Führer biztatására másnap kikiáltotta a független – ám valójában Hitlert kiszolgáló – szlovák államot, eközben pedig Magyarország is jóváhagyást nyert Kárpátalja későbbi okkupációjára.

Ilyen előzmények után Hitler Emil Háchát is magához rendelte, és március 15-én hajnalban közölte vele a „maradék” Csehszlovákia megszállását. A német diktátor azzal zsarolta meg az elnököt, hogy a Luftwaffe légitámadást hajt végre Prága ellen, így aztán Hácha arra utasította a rendvédelmi erőket, hogy ne tanúsítsanak ellenállást a Wehrmacht csapataival szemben. A „tárgyalás” hangulatát jellemzi, hogy a csehszlovák politikus szívrohamot kapott Berlinben, Hitler azonban elérte célját, hiszen komoly ellenállás nélkül megszállhatta Csehországot és a morva területeket. A Führer másnap Prágába utazott, ahol kikiáltotta a Cseh-Morva Protektorátust, és Hácha mellé egy berlini helytartót rendelt (elsőnek Konstantin von Neurath egykori külügyminisztert).

Csehszlovákia ezután egészen a második világháború végéig a kettészakítottság állapotban maradt: a cseh és morva részen kialakított protektorátus nyersanyagával és munkaerejével a náci hadigépezetet kellett szolgálja, Szlovákiában pedig Tiso vezetésével egy nevében független bábállam jött létre. A világháború kitörése után Edvard Benes emigráns kormányt alakított Londonban, a cseh területeken pedig komoly ellenállási mozgalom bontakozott ki, melynek legjelentősebb akciója a Reinhard Heydrich ellen végrehajtott 1942. évi merénylet volt.